Media Libraryの内容は一旦リセットされます。
HKCU\Software\Microsoft\MediaPlayer\Preferences


LibraryDatabasePath(文字列値)を作成して、データを希望の場所にします。

%LOCALAPPDATA%\Microsoft\Media Player を開き、拡張子が.wmdbのファイルを全て削除します。
(ほかのDatabaseを削除しないとMedia Libraryが更新されません)

WMP12 を開き、ライブラリを表示するとデータベースが更新されます。
移動できました。

%LOCALAPPDATA% は C:\Users\ユーザー名\AppData です。
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\MediaPlayer\Preferences]
"LibraryDatabasePath"="D:\\Media Player"
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\MediaPlayer\Preferences]
"LibraryDatabasePath"="D:\\Media Player"
ライブラリにたくさんのファイルがあるとデータベース作成後でも表示に長い時間がかかり応答を停止してしまうことがあります。

データベースの意味がないですが、どうもこれはWMP12のバグのようです。
少し古いですがこちらでディスカッションされていました。
Windows Media Player 12 library problem (英文)